Odjel hirurgije je cjelina koju čini sedam odsjeka i to:
- Odsjek opće hirurgije
- Odsjek abdominalne hirurgije
- Odsjek dječije hirurgije
- Odsjek grudne hirurgije
- Odsjek vaskularne hirurgije
- Odsjek neurohirurgije
- Odsjek plastične i rekonstruktivne hirurgije
U sklopu Odjela radi sedam opštih kirurga od kojih su četiri subspecijalisti abdominalne hirurgije, zatim dva neurokirurga, jedan dječiji kirurg, jedan plastični kirurg, dva specijalizanta i više sekundaraca.
Na Odjelu se pružaju sve dijagnostičke i operativne zdravstvene usluge predviđene za sekundarni i tercijarni nivo zdravstvene zaštite. Ogromno ratno iskustvo nadopunjeno novim vještinama i tehnikama sticanim u brojnim kliničkim centrima države i regiona, kroz specijalizacije, subspecijalizacije, razne oblike edukacija i stručne sastanke garancija su kvalitete pruženih usluga i operativnih zahvata, kojih se na godišnjem nivou obavi 2500 - 3000.